Awalnya adalah persahabatan seorang bocah muslim Bernama Samihi, 11 tahun dan Wayan Manik, 12 tahun bocah Hindu di Singaraja. Mereka saling bertemu dan tumbuh bersama, mengikat persahabatan karena sama-sama punya ketakutan besar dan duka dalam hidupnya Samihi punya ketakutan terhadap air, laut dan alam bebas, karena sejak kecil Ia dilarang orang tuanya mendekati air, sungai, laut dan alam yang bisa mengancam keselamatan dirinya. Ia tidak bisa renang, takut ke laut. Padahal dua hal ini yang menjadi permainan anak Singaraja. Sementara Wayan Manik, punya trauma terhadap kekerasan yang dialaminya sejaka lama, yang dilakukan pria asing bernama Andrew Kemiskinan membuat Wayan Manik tak bisa sekolah dan tak bisa menikmati masa kanak-kanaknya.
Ia harus bekerja keras sebagai pemandu tur lumba-lumba di pantai Lovina. Ia hanya tinggal dengan ibunya yang sakit sakitan. Keadaan ini yang memerangkapnya ke dalam situasi buruk yang traumatik. Ia menjadi korban pedofilia laki-laki asing bernama Andrew. Hidup Wayan Manik pun menjadi kelam. Ia menyimpan duka dan kemarahan. Kepada Samihi lah duka dan kemarahan itu ia ungkapkan. Samihi sudah dianggap sebagai sahabat sejati yang akan menjaga rahasianya. Sampai suatu hari, Samihi terpaksa membuka rahasia hidup Wayan Manik kepada ketua adat Bali, karena Wayan Manik terancam bahaya. Di sinilah Wayan Manik kecewa pada Samihi yang dianggapnya melupakan janji dan persahabatan mereka. Duka dan kesedihan Wayan Manik bertambah ketika mendapat berita ayahnya meninggal dalam peristiwa bom Bali Legian yang menewaskan 200 orang.
Aibnya terbuka, ditinggal mati orang tua membuat Wayan Manik tak tahan lagi tinggal di Desa Kaliasem Film 'Rumah Di Seribu Ombak' bertutur tentang persahabatan dua anak yang sama sama punya trauma dan rahasia besar pada masa lalu. Mereka saling membantu untuk bisa membalikkan trauma itu menjadi keberhasilan.
